伴随着安徽财经大学近六十年来的发展历程，与学校变迁、政治理论课课程设置变迁一样，马克思主义学院组织沿革也几经变迁。组织职级经历了科级、处级、再科级、再处级等数度调整。组织名称经历了马列主义教研组、教研室、教研部、社会科学教学部、政治学院、思想政治理论课教学研究部和马克思主义学院等多次变化。这些变迁从一个侧面反映了思想政治理论课在学校建设中的地位。虽然几经起落，但学校始终贯彻执行中央文件精神，十分重视思想政治理论课教育教学。纵观马克思主义学院变迁，大体分为三大阶段：1959年至1982年是第一阶段，学院下设马列主义教研室。1982年至2001年是第二阶段，学院分设马列主义教研室（后改为部）和德育教研室。2001年至今是第三阶段，马列主义教研部与德育教研室合并，组成新的社会科学教学部，2004年7月隶属财政与公共管理学院，2007年7月隶属政治学院， 2010年7月思想政治理论课教学研究部成立。2016年3月更名为马克思主义学院。2018年2月，成为省第二批重点马克思主义建设单位。